Jennifer zeigte schon als kleines Kind viel Begeisterung für die Arbeit auf der Bühne. Wobei sie, wie sie selber gestand, jahrelang Ballet-Stunden nahm. Sie wuchs mit zwei Schwestern in Charleston, West Virginia, auf und begann nach ihrem Abschluß ein Chemie-Studium in Denison University (Ohio). Später wechselte sie jedoch zum Drama, da wiederum die Bühnen lockte. 1994, nach Unsiversitätsabschluss, zog sie nach New York, wo sie als Hilfskraft beim Theater arbeitete.
Nach ein paar kleinen Rollen im Fernsehen, zog sie nach Los Angeles, wo sie ihren Unterhalt als Tischanweiserin in einem Restaurant verdiente.
Nach ein paar weiteren Rollen, heiratete sie (2000) den Schauspieler und Produzenten Scott Foley, von dem sie sich 2003 wieder scheiden ließ.
2001 bekam Jennifer Garner ihre ersten Hauptrolle in der bis heute erfolgreichen Actionserie Alias - Die Agentin von J. J. Abrams. Für die Rolle der Sydney Bristow erhielt sie 2002 den Golden Globe als Beste Schauspielerin einer Dramaserie. Ein erster Anlauf, auch in Hauptrollen auf der Leinwand Karriere zu machen, gelang ihr 2004 mit der Komödie 30 über Nacht recht erfolgreich. Mit Elektra nahm sie 2005, diesmal als Titelfigur, eine Nebenrolle aus der Comic-Verfilmung Daredevil wieder auf.
Seit 2004 ist Garner mit ihrem Kollegen Ben Affleck zusammen, im April 2005 hielt er um ihre Hand an. Die beiden gaben sich am 29. Juni 2005 in der Karibik das Ja-Wort und haben ein Kind. Das Mädchen kam am 1. Dezember 2005 in Los Angeles zur Welt und heißt Violet Anne Affleck.
Jennifer Garner hat, unüblich für einen amerikanischen Star, den Nachnamen ihres Mannes angenommen und heißt nun Jennifer Affleck. Sie behält aber weiterhin Garner als Künstlernamen
